游戏的背景在轩辕剑叁之前的150年，其时陈国欲进攻隋朝，然而数万大军大一夜之间被一个手执轩辕剑的十余岁少年所灭。故事开始展开...
游戏的背景在轩辕剑叁之前的150年，其时陈国欲进攻隋朝，然而数万大军大一夜之间被一个手执轩辕剑的十余岁少年所灭。

　　16年后的某一天，陈国的少主陈靖仇与师父陈辅上到伏魔山，寻找传说中的到昆仑古镜，师父希望陈靖仇可以找到琴、镜、印、石、鼎五件上古神器，以重复陈国江山，然而主角却对此很不感兴趣，惹来师父的一顿教训。在洞前发现了天狗蚀日与妖星天象，似乎预兆着灾难的发生。在洞中取起昆仑镜时却唤醒了远古守护神饕餮，师父击飞仇儿，拼全身功力结成冰丝，与魔兽同时封在洞中，告诉仇儿去雷夏泽找师伯公山先生相助。

　　（片头音乐及字幕出现，游戏正式开始）。

　　下到山脚仇儿唤出了其一属性的符鬼（其为一可爱的宠物狗），进入了月河村。向村民打听雷夏泽的方位，但是村里因河神祭而禁止任何人过桥，便只好在旅店里休息，见着了一号女主角的于小雪，她聪明美丽，但是一头白发胜雪。第二天却听到小雪愿意代替大夫的女儿去作祭品，以希望大夫能免费为其弟弟医病。仇儿答应小雪的弟弟救回小雪，于是来了月河河洞，却被村民认为是想骗钱的神棍。主角唯有与小雪跳下洞中，河神出现原是一鲛鱼精，放倒它后救出了小雪，两人回到村里发现鲛鱼精正在大肆杀害村民，虽然仇儿再一次打败了它，但村民将一切后果推在他身上，他们将仇儿和小雪赶出村子。小雪哭别村庄，天大地大，却只有与仇儿一同流浪了。（可为村中的乞丐取15碗水，得到金创药）。

　　两人来到了雷夏泽见到的却是一位病重的老人，原来师伯曾被轩辕剑所伤，已是自身难保，此时师母告诉两人只有找到上古神器神农鼎，用其炼药方可治好师伯，但此鼎据传被宇文拓夺走。仇儿为救师父，只有冒险去尝试了。（可在门口与小孙女玩猜数字）。

　　在黑山镇的客栈休息时，却发现官兵到处抓小孩，为的竟是取血给某郡主养颜。仇儿正待出手时，一胡人少女路见不平打败隋兵，但其首领却化身妖魔，少女不敌，仇儿立即相助，消灭妖魔后那少女却不领情，这时其姐夫张烈出现，感谢仇儿相助，欲在客栈以酒相待，但探报发现一妖魔隋兵出现在部落附近。仇儿愿意一同前去。三人来到大雁岭隋军营中，发现了被捉住的小孩，三人消灭妖魔隋军后救回众小孩。后来知道原来张烈就是拓拔族的首领，那位少女名叫拓拔玉儿。

　　两人应邀来到张烈的营中作客，向部落打听神农鼎的消息，几天后得知被该鼎目前被皇帝从宇文太师手中要回来，在回程的船中。仇儿两人正待离开，此时玉儿却先行一步，偷出营去独自找神农鼎，张烈也加入仇儿的队列，一同去找玉儿与神农鼎。

　　来到芦家渡，发现官兵正在此处强抢民女为皇帝征妃子，所有渡船都不能开走，三人想到改扮混上船，于是张烈去找官兵服。仇儿与小雪在渡头找到红花，再用皮靴与屋内的小女孩换得发簪，以铁戒指和手镯与一老婆婆换得一套女服，三人在客栈里换完装轻松地混上了船，但在船上却并没有发现玉儿的踪迹，不久后被隋兵识破，只有打败所有敌人，放走了被捉的少女。三人劫船开往大梁。

　　在大梁一老翁处知道神鼎就在船上，因此仇儿三人趁守卫的空隙溜上了船，寻找神农鼎和玉儿的下落。在一房中发现了假的神农鼎，原来是一群无能的官以假充真骗皇上，真的已被一“混世魔王”所夺。三人在层层迷宫中发现了一个很像玉儿的宫女，于是跟着走，最后在大殿发现果然是玉儿，她不知天高地厚去行刺皇帝，此时宇文拓护驾，将玉儿打伤（反角也是一个年少的帅哥哟），仇儿放出烟幕弹救出玉儿，三人跳水逃离。皇帝下令宇文拓捉拿凶犯，此时宁珂郡主出现，希望与宇文太师一起出外闯一闯。（在城中可与小朋友玩推理游戏，答案是小四）

　　玉儿从昏迷中醒来，张烈要带她回部落，但玉儿得知仇儿继续去找神农鼎，不管说什么也要一起，张烈只有独自离去。三人来到豆子坑的客栈，遇上了程咬金和秦叔宝。此时隋兵又再出现，玉儿性格火爆，三两下就动手了，三人从而与程、秦两人识英雄重英雄。三人来到魔王砦，却无法进入，于是回豆子坑，替车夫找到香包后（在上山的路口），他将三人送进了魔王砦。仇儿在里面发现混世魔王居然是程咬金。此时宇文拓亲自出现了，抢走鼎后嫁祸给仇儿三人，于是程咬金和三人打了起来，一战之后秦叔宝看破宇文太师的嫁祸计。玉儿答应十五天内找回鼎，再和程咬金大打一架，从他手中光明正大地取回鼎。

　　三人在树林中遇到一个伤重的齐二郎，于是好心将其送回东莱城。从其妻子口中 　　打听到泰山顶上有一个奇怪的法阵。三人来到泰山，在山上果然看到一个六芒星阵，此时宇文太师手下韩腾与杨硕出现，以阵将东莱城数万人的性命炼成一颗万灵血珠。韩腾走后三人杀掉杨硕，找到地图和信函，便三人依线索赶往大梁。

在无人渡口发现了一只船，在船中遇见了郡主独孤宁珂，她因发现了宇文太师的阴谋而被监视，她帮三人找到鼎，并赠于船只。三人又回到了大梁（可再与小朋友玩推理游戏，答案是吕公）。在药店买药材，但唯缺鸡肉。于是按大夫指示说到西边山洞中射下三只小鸡，引出了大鸡，打败它后取得鸡肉。在船上炼好药后决定回魔王砦找鼎找程咬金，玉儿为履行诺言一定得和程咬金打上一场，程咬金和秦叔宝故意输了，让玉儿心安理得地取得了鼎。三人回到雷夏泽却发现物是人非，师伯已病故，师母及和孙女已搬到了大梁，三人唯有动身前往大梁。

　　可将船驶到芦家渡，在桥头、大石头和油纸伞发现三句诗，最后在陶罐中找到地稔根，同时向客栈门前的行人赠与100两可得紫玉冰晶。

　　终于在大梁的街上遇到师伯的小孙女，从而在右城门旁找到了师伯母，取得师伯遗书，书中告知仇儿传说东海仙岛上有仙人可敌饕餮，事至此，仇儿只有一试了。找船匠修饰成海船后出了海。正当小雪为海天一色而兴奋时，突然而来的一条大鲸鱼将他们连船吞了下去。三人醒来，向深处探路，遇上氏人族战士，打了起来，不久后氏人族女王出来阻止，三人才知道他们居然一太古神兽体内，而体内的氏人族爱七百年前一云游剑侠的恩惠，可以青春永驻，不过目前生命正受到黑龙王的威胁，女王希望三人帮族人打败龙洞里的黑龙王，但千万不要摘下神印。三人驾着可爱的小鲸鱼来到了龙洞。打败黑龙王后，黑龙王以攻心计让玉儿摘下了崆峒印，此时黑龙王虽死，但氏人族的居民已全变回原貌。女王为此责怪玉儿，玉儿痛苦万分，以自毁容貌谢罪，此举引来女王的悔意，将三人送到了仙岛。

　　（这里全是以山水国画为背景，真是美呆了）三人在仙岛行进，玉儿屡次高烧不退，于是仇儿去百草涧找七种草药，第一次却不见效，第二次用鼎也不行，最后小雪以自臂上之肉作药引，终于使玉儿的病有了起色较好了。在对弈亭见到两人在下棋，仇儿干等了一天一夜后终于有机会向两位仙人说说出来因。仙人让请他们先天外村休息一下。当他们来到天外村然翁居时，发现两位仙人早已回到。仇儿向古月仙人哀求，但古月仙人因早前的过失而不信世人。是夜，仇儿发现玉儿有生命危险，便不顾一切去东皇岭找百年地稔草，却掉下山崖，幸得然翁遇上。此时小雪也去哀求古月仙人，古月仙人答应，但仍需要西母峰的血露蟠桃和神农鼎。于是仇儿与小雪来到西母峰，小发摘下血露蟠桃后引出守护神刑天，此战不敌，两人相互维护，宁断自己双手，随后却发现是然翁的幻影考验。这一切感动了仙人，“人间有情，更胜天道”。终于医好了玉儿。但是去救仇儿师父之前必须在海中建木取得盘古巨斧，于是仇儿驾着小鲸鱼来到海中建木，帮老树松松筋骨后取回盘古大斧。

　　出发前仙人说要问过“老祖宗”，二代的人物可否到三代中去，这时我们可以在旁边的水井中进入ＤＯＭＯ工作室，不过好像得不到什么好处。

　　众人乘剑归来，在伏魔山上古月仙人制服饕餮，救出师父，然而师父的所有功力已失，仇儿取得昆仑镜后，众人回到天外村。安置好师父后仇儿来到对奕亭找到然翁，想不到然翁就是七百年前的云游剑侠，他答应再为氏人族重整青春不老结界。仇儿高兴地来到氏人族时，听到的却是宇文太师以黄金剑分开水路，从龙洞中取走了崆峒印。仇儿赶回天外村告知一切。玉儿为安全起见，想把神农鼎与昆仑竟被留在然翁处，但师父相当愤怒，更以种族主义对待玉儿。仇儿左右为难，但还是尊重师道。但仙人对“九五之阵”之说大感迷惑，其实际应为“失却之阵”才对。找回来师父后，师父怕宇文太师抢先集齐五件神器，要仇儿赶快回中原。仇儿与仙人道别，得到盘古大斧，可自由往返于人间与仙界。